Aunque ambos formatos son ya conocidos para el uso de transparencia, hay ciertas características que debes tomar en consideración al momento de trabajar con ellos. Encuentro un interesante tutorial en Assaultblog sobre el uso adecuado de los formatos .GIF y .PNG según las imágenes que estés trabajando, te será de utilidad.
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Justo ayer recordé el problemilla que tiene la familia IE con la gamma de los png. Resulta que si guardas un png (sea con 2 colores o 24 bits) y lo pones sobre un fondo, el IE interpreta mal la gamma y se ve con un color diferente. Esto ni siquiera esta arreglado en el IE 8 b1, a ver cuando estos muchachos se ponen con los estándares….
Ejemplo en http://www.libpng.org/pub/png/colorcube/colorcube-pngs-gamma16.html